در گذشته دور اکثر تمدن‌های بزرگ بشری در کنار رودخانه ها و یا مناطقی که از امنیت طبیعی بیشتری برخوردار بودند شکل می‌گرفته است، منطقه آزاد ارس نیز به لحاظ دارا بودن هردو ویژگی فوق الذکر میزبان آثار تاریخی و محوطه های باستانی متعددی در کرانه رود ارس می باشد. کلیسای سنت استپانوس، کلیسای چوپان، کلیسای ننه مریم، روستای تاریخی دره شام، کاروانسرای خواجه نظر، پل ضیاءالملک، حمام تاریخی جلفا، پل آهنی، پل چوبی، پل های تاریخی خداآفرین، مجموعه تاریخی کردشت و برج تاریخی دوزال از جمله آثار تاریخی بر کنار رود ارس خودنمایی می کنند. در کنار این اماکن فرهنگی و تاریخی، اکو موزه روستای گلفرج و موزه اشیاء تاریخی خداآفرین با نمایش اشیاء تاریخی گذشتگان، فرهنگ مردمان ساکن این منطقه را به خوبی نمایان ساخته است.

ارس، خاستگاه تاریخ و تمدن، تنها منطقه آزادی است که میزبان یک اثر ثبت در فهرست میراث جهانی یونسکو بوده و بدین سبب اماکن تاریخی مستقر در آن به عنوان یک ارزش افزوده در جذب گردشگران داخلی و خارجی در بین سایر مناطق آزاد بشمار می آید.

کلیسای سنت استپانوس در تاریخ 15 اسفند 1341 با شماره ثبت 429 به ثبت ملی و در سال 2008 میلادی به عنوان نهمین اثر ایران در فهرست میراث جهانی یونسکو به ثبت رسیده است. از نظر برخی مورخین این کلیسا در قرن نهم میلادی ساخته شده ولی برخی نیز تاریخ بنای آن را به دوران صفوی نسبت می دهند. کلیسای چوپان در سال 1518 میلادی برای چوپانان و یا عامه مردم که دسترسی به کلیساهای دره شام را نداشتند ساخته شده است تا بتوانند مناسک دینی خود را به جا آورند.

کاروانسرای خواجه نظر یکی از 999 کاروانسرایی است که شاه عباس صفوی در کل امپراطوری تحت سلطه اش بنا کرده است این اثر تاریخی در تاریخ 17 اسفند 1381 با شماره ثبت 7744 به عنوان یکی از آثار تاریخی کشور به ثبت ملی رسیده است.

پل ضیاءالملک قبل از میلاد و در زمان اورارتوها ساخته شده است. این پل در طول سالیان متمادی به دلیل قشون کشی های مختلف تخریب و بعدها بدلیل نیاز دوباره حاکمان وقت بازسازی می شده است این پل آخرین بار توسط ضیاءالملک نخجوانی بازسازی گردیده و در تاریخ 10 دی 1381 با شماره ثبت 6673 به ثبت ملی رسیده است.

قدمت مجموعه تاریخی کردشت به دوران صفوی برمی گردد. از جمله آثار بجا مانده از این دوره می توان به حمام، مسجد قریب، باغ، میدان، کوشک هشت ضلعی، آب انبار، بازار، قنات و چاه‌ها اشاره کرد که در دوران صفوی مورد استفاده سلاطین صفوی بوده است. این مجموعه در دوران قاجاریه و در طول جنگ های ایران و روس به عنوان مرکز فرماندهی عباس میرزا درآمده است و در این دوره پادگان، ساخلوی نظامی، عمارت اندرون، حمام قاجاری، دیوان خانه، دروازه ها، برج بارو، قلعه ها ، انبار، اصطبل و خندق به مجموعه تاریخی کردشت اضافه شده است.